宁宗即位后，朱熹应召知漳州、潭州。后由宰相赵汝愚推荐，当上焕章阁侍制兼侍讲，即皇帝的顾问和老师。朱熹初次见宁宗，就大谈正心诚意、灭人欲存天理之道。任侍讲后，进讲《大学》。他借给皇帝讲课、亲密接触的机会，多次进札，对朝廷政务多有论议。朱熹又和吏部侍郎彭龟年弹劾韩侂胄，并在进讲时说宁宗被韩侂胄窃取权柄。朱熹的言论是否正确，可以仁者见仁智者见智，但可以肯定的是，宁宗没有唐太宗那样的胸襟，认为朱熹很烦人，讲的东西多不可用，当了46天侍讲的朱熹被免职了。权臣韩侂胄也借机公报私愤，陷害攻击朱子学为“伪学”，称朱熹的门人为“逆党”，朱熹被削职为民。宁宗下诏命凡荐举为官，一律不取“伪学”之士。“方是时，士之绳趋尺步，稍以儒名者，无所容其身。从游之士，特立不顾者，屏伏丘壑；以阿巽懦者，更名他师，过门不入。甚至变易衣冠，狎游市肆，以别其非党。而熹日与诸生讲学不休，或劝以谢谴走生徒者，笑而不答。”（《宋史？朱熹传》）。可谓情势十分紧张，人人自危，牵连颇广，朱熹的大弟子蔡元定，亦因被牵连而遭贬，结果死在贬所。这次事件史称“庆元党祸”。

    朱熹的晚景与亚里士多德有些相像，都因为思想而遭到迫害。当时有人劝朱熹遣散徒众以避祸，但他仍讲学不辍。庆元六年（1200年）三月，卒于福建建阳考亭家中。他在逝世前两天，还在为弟子讲学，修改自已的著作，可谓鞠躬尽瘁，死而后已。当时的大词人辛弃疾闻朱子逝世，特填词致哀，词曰：“子云何在。应有玄经遗草。江河流日夜，何时了”。并作祭文，有：“所不朽者，垂万世名，孰谓公死，凛凛犹生！”之句，谓朱熹的著作会永远流传，朱熹的声名将永垂不朽。

    朱熹一生，不是很喜欢做官，他登第50年，仕于外者仅9年，屡屡辞职，而将大部分时间与精力用于著书讲学，是继程颢、程颐兄弟而后理学的集大成者，一代宗师，南宋“闽学”的创始人。也是中国历史上著述最宏富丰赡的哲学家和学者之一，与亚里士多德有得一拼。据《四库全书》不完全的统计，朱子现存著作共二十五种，六百余卷，总字数在两千万字左右。

    朱熹一生博学多识，研究领域颇为广泛，触角涉及到儒家经典的所有领域。如哲学、伦理、经学、历史、政治学、教育学、佛学、道教、易经、经济学、心理学、文字音韵、文学理论、训诂考据、典章尔律及自然科学等等，可谓博大精深，为当时集大成的学者。他的著述有近三十部之多，还有他的学生编的《朱子语类》、《朱子大全》等。主要作品有：《四书集注》、《论孟精义》、《资治通鉴纲目》、《八朝名臣言行录》、《上蔡语录》、《程氏遗书》、《西铭解义》、《太极图说解》、《通书解》、《程氏外书》、《伊洛渊源录》、《古今家祭礼》、《近思录》（与吕祖谦合编）、《论孟集注》、《或问》、《诗集传》、《周本义》、《易学启蒙》、《小学书》、《序大学章句及中庸章句》、刊行四经（《易本义》、《诗集传》、《书经》与《春秋》）、《孟子要略》、《楚辞集注》、《仪礼经传通解》、《韩文考异》、《参同契考异》、《书集传》、《楚辞注后语辨证》。

    朱熹的著述包括以下几部分：（一）“述”之作。“述而不作”是从孔子以来的儒家传统。所谓“述”，实质上是一种借助对儒家经典的注解和诠释来阐发自己思想和理论的创作方式。朱熹是利用这种方式构建自己理学体系最成功和最活泼的学者。他的《四书章句集注》、《诗集传》、《周易本义》等就是这一类著作中的代表。（二）原创。在“述”的同时，他以大量严谨的原创理论著作为自己的理学大厦奠定了基石。《太极图说解》、《西铭解》等是其哲学思想的高度结晶。《通鉴纲目》、《名臣言行录》等是其史学理论的集中展示。而一部《晦庵文集》则是他理学思想的最后集结。（三）整理编纂前人遗产。这类著作如《楚辞集注》、《韩文考异》等是对前代学术遗产的整理和研究。这一类著作不仅显示出朱子深厚和广博的学术功力，更表明了他在不同时期的学术取向。他为程颐、程颢编了《二程遗书》、《二程外书》，为谢良佐编了《上蔡语录》，还为他的父亲朱松编了《韦斋集》。朱子还有一部与友人合作的著作——《近思录》。这是他居丧期间在寒泉精舍为母亲守墓时与吕祖谦共读周敦颐、程颐、程颢、张载的著作，共同编选而成。这是一本被称为“我国第一本哲学选辑之书，亦为北宋理学之大纲，更是朱子哲学之轮廓”（陈荣捷《近思录详注集评》引言）的重要著作。（四）后人记录整理他的言论之作。如《朱子语类》、《朱子大全》、《文公易说》、《朱子奏议》、《晦庵题跋》等。亚里士多德有很多“伪书”，朱熹亦然，《四书问目》、《或问小注》等乃假他之名的伪作。

    他将《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》合称为四书，对后世影响最大，成为学生启蒙教育和科举考试的必读书。他一生的研究领域很广，但主要工作就是研究四书，阐释四书，他著的《四书集注》是后人的必读书，影响极大。全祖望在《宋元学案》中称他“致广大，尽精微，综罗百代矣”，显然并非溢美之辞。

    在朱子生前即已有人开始编印他的著作。朱子逝世以后，裒集、辑录朱子著作者更多。康熙年间，大学士李光地奉敕编修的《朱子全书》，是其中影响较大的一部。20世纪70年代末80年代初，在全球范围内掀起了研究朱子的热潮。90年代初，中国内地的朱子学全面崛起。1993年5月，世界朱氏联合会成立，作出了积极支持朱子学研究工作的决定。国家教育委员会全国高校古籍整理研究工作委员会批准《朱熹全书》正式立项，国务院古籍整理规划小组和新闻出版署也同时将此书作为重点图书立项。1994年，编修工作全面开展，至1999年底，历时5年，《朱熹全书》告竣。“全书”所收诸书之编序，按四部分类法，以经、史、子、集排次。分则独立，合为全书。