就是在这样的背景下，亚里士多德于前335年又回到雅典，创办了吕克昂学园。得到了亚历山大和各级马其顿官僚大量的金钱、物资和土地资助。这在历史上也许是科学家从政府得到大批研究经费的头一个先例，也是随后几个世纪中的最后一个事例。学园占有阿波罗吕克昂神庙附近广大的运动场和园林地区，有当时一流的图书馆和动植物园等。他在这里创立了自己的学派，这个学派的老师和学生们习惯在花园中边散步边讨论问题，因而得名“逍遥学派”。据说，亚历山大为他的老师提供的研究费用为八百金塔兰（每塔兰重合黄金六十磅）。亚历山大还为他的老师提供了大量的人力。他命令他的部下为亚里士多德收集动植物标本和其他资料。事实上，亚里士多德浩瀚的著作，实非一人之力所能完成。譬如，他曾对一百五十八种政治制度作了概述和分析，这项工作十分繁重，需要搜集大量的资料并进行整理，如果没有一批助手的协助，是不可能完成的。

    学园的学生很多，学风很好，师生关系平等融洽，学生和老师共同进餐，一起散步，自由交流。也很民主，每10天选举一名学生管理学校。在此期间，亚里士多德一边讲课，一边著书立说。写了很多关于自然、物理学、哲学方面的著作，他的作品的语言尽管比柏拉图的《对话录》晦涩许多，但更像一个教授的著述：系统、分门别类、批判性的、理性的，而不是凭灵感而来的先知式的预言，或让人半天不得要领的文学性的表达。作品很多都是以讲课的笔记为基础，有些甚至是他学生的课堂笔记。因此有人将亚里士多德看作是西方第一个教科书的作者。

    前323年，亚历山大在巴比伦英年早逝，雅典人开始奋起反对马其顿的统治。由于和亚历山大的特殊关系，亚里士多德被指控为不敬神，为避免苏格拉底式的悲剧重演，而逃亡加尔西斯避难。他边逃边说，他不会给雅典人第二次危害哲学家的机会。他的学园则交给了狄奥弗拉斯图掌管。一年之后，亚里士多德因病去世，享年63岁。关于他被毒死，或者由于无法解释潮汐现象而跳海自杀的传言是完全没有史实根据的。吕克昂学园并未因亚里士多德的逝世而解散，也没因雅典政局的动荡而停办，而是又存在了800多年。策勒尔说吕克昂学园是“一个庞大的科学组织，设有一个大型图书馆，众多的教员以及一套正规的讲课体系”。（（德）E.策勒尔：《古希腊哲学史纲》，山东人民出版社，1992年版，第169页。）