在明清两代，孔子学说的正统地位更加坚固。明政府规定，科举取士必以《四书集注》为准，并广修儒家典籍。明嘉庆年间，孔子谥号被更为“至圣先师”。清代顺治年间，更谥孔子为“大成至圣文宣先师”。但也是在这一时期，特别是自明代中叶之后，非孔子的“异端”之说兴起，其中尤其是李贽，坚决反对以孔子之是非为是非，说：“天生一人，自有一人之用，不待取给于孔子而后足也。若必待取足于孔子，则千古以前无孔子，终不得为乎！”（《焚书？答耿中丞》）。此外，这一时期产生了一大批具有唯物主义思想的哲学家，他们从不同的方面对孔子思想进行解构，以孔子之学来批评理学，甚至像黄宗羲还以孔子之学来批判君主专制。这些都是孔子学说发展的新走向。但是，总的说来，在明清两代，孔子思想作为封建主义意识形态的地位是得到加强了的。

    近代以来，随着中国一步一步地沦为半殖民地半封建社会，孔子的形象与地位也发生了重大的变化。一方面有以曾国藩、张之洞、袁世凯等为代表的封建主义尊孔派，另一方面更主要的是产生了一批站在近中国民族危机的立场而对孔子思想进行批判的思想家。龚自珍首先否定了孔子的独尊地位，认为孔子之学只是春秋战国的“九流”之一。魏源虽尊孔子，但对孔门后学多持批评态度，斥之为“庸儒”之辈，“上不足制国用，外不足靖疆国，下不足苏民困”。洪秀全则在《太平日记》中说：“推戡妖魔作怪之由，总追究孔丘教人之书多错。”康有为等维新派则将孔子改造成“托古改制”的“素王”，认为“六经”乃“孔子民主君主之所寄托”；谭嗣同则认为孔子的仁学是以“通”为第一义，而“通之象为平等”。资产阶级革命派则进一步指出：孔子并不是什么“至圣”，所谓“至圣”不过是历代“独夫民贼”加给孔子的微号。《新青年》则明确提出要“打倒孔家店”，称孔子为“不可思议之怪物”，吴虞称孔子为“盗丘”，“孔二先生”；鲁迅尖锐地指出：所谓孔子之学，实际上就是“吃人”之学；陈独秀和李大钊则以唯物主义立场，深刻分析了孔子思想的社会基础，认为：孔子生于专制之时代，故其学说、道德皆为封建之学说和道德，是专制主义的“护符”等等，不一而足。

    由上可知，近代以来，孔子在人们心目中的形象与中国封建社会时期有了天壤之别，可以说不仅是从“天上”拉回了“人间”，而且还打入了“地狱”。而造成这一转变的原因也是显而易见的，即它与近代以来中国所遭遇的来自西方列强的入侵以及由此而引起的民族危机是分不开的。也正因为这样，近代以来对孔子之学的评价，无论是守旧派、维新派，还是革命派，都或多或少地带有政治论证的色彩，“文化大革命”时期则更盛。

    十一届三中全会以后，随着中国改革开放的不断深入与发展，特别是随着全球化、一体化的世界新形势的出现，对孔子思想的评价有了新历史平台和参照系。“儒学与现代化”的命题越来越成为当代孔子思想研究的核心问题之一。围绕着这一命题，孔子研究取得了巨大的成就。但在这里，我认为有必要对至今仍在海外有重大影响的现代新儒家的思想作些介绍。新儒家兴起于２０世纪２０年代，主要代人物有梁漱溟、熊十力、贺麟、冯友兰、张君劢、钱穆等。他们站在儒家本位的立场，并从对西方近代文明弊端的了解出发，对五四以来以实证哲学为主要代表的西学东渐以及由此而引起的激烈的反传统运动，进行了认真而深刻的反思，梁、熊二人皆以柏格森的“生命——自然”这一两分世界观为范式，认为：生命即价值世界，它是哲学和宗教探讨的领域；而自然即事实世界，乃是科学所认识的对象；东、西方文化之别就在于西学长于对事实世界的探索，而东学则长于对价值世界的体悟，二者各有千秋，不能彼此代替。３０年代以后，贺、冯二人则以康德和黑格尔哲学为思想资源，努力将西学的逻辑认知和理性思辨，援引入以注重价值评估和道德直觉的东学（主要是陆王心学）中来，赋予传统儒学（程朱理学）以现代哲学的知性品格。可见第一代新儒家的主要成就是：在孔子与现代化之间的关系问题上，他们主要站在一种文化学的角度，分别论述了东西方文化的不同性向及其价值特征，既意识到了以孔子为代表的中国文化在理性或知性方面的不足，又看到以科学为代表的近代西方文化所存在的缺陷，在此基础上，试图将二者结合起来，实现对传统儒学的超越。