目前各国出版的亚里士多德著作参照的标准本是德国伊曼努尔？贝克尔编纂的版本。19世纪，柏林普鲁士研究院广泛征集了亚里士多德著作的各种文本及诠释本，由贝克尔主编，集中大批专家进行校勘、考证，从1831年到1870年历经40年完成编纂工作。贝克尔主编的《亚里士多德全集》是从最优秀最古老的手稿中整理出来的、以亚里士多德之名署名的全部著作的版本。在贝克尔之后，西方各国的古典学者们对亚里士多德著作做了进一步的加工、订正、诠释工作，出版了各种文本的版本，如《托布奈丛书》（1868—1961），《牛津古典本文》（1894—1968），希法对照的《布德丛书》（1926—1968），希英对照的《洛布丛书》（1926—1966），这些版本依据的都是贝克尔的《亚里士多德全集》。

    亚里士多德的命运反映了哲学的命运。在中世纪的欧洲，神权统治一切。你说哲学是最高的智慧，他却说哲学只是神的佣人，哲学的最大价值就在于论证基督教教义。柏拉图的哲学主张就符合这种需要：他的“好人论”成为基督教定位人的信仰的重要参数；他的善的理念为基督教的上帝论提供了道德的形而上学蓝本；他的的灵魂不灭与轮回思想为基督教爱的理论和末世学奠定了理论基础。而亚里士多德哲学把物质世界作为思考对象，把神仅仅看作是物质运动的第一推动者，而且是逻辑推论的结果，抛弃了灵魂不灭的说法，这就必然和罗马教会奉为神明的基督教神学发生尖锐冲突。罗马教会视亚里士多德哲学为洪水猛兽。在1209年的宗教会议上，罗马教会作出决定：任何人不得转录、阅读或以某种形式保存亚里士多德的著作，违者革除教籍。但“决定”并未能扼杀亚里士多德著作，也未能阻止其学说的传播。罗马教会不得不认真考虑在思想上如何对待亚里士多德哲学，教会内部也没有一致的认识。弗兰西斯教派形式上接受了一些亚里士多德哲学的内容，但在原则上却拒绝采纳亚里士多德哲学；拉丁阿威罗依派主张全面接受亚里士多德哲学（实际上是阿拉伯人阿威罗依的亚里士多德主义），与当时的正统经院哲学形同水火，无法让罗马教会接受。显然，两种观点都行不通。于是有人在寻找既采纳亚里士多德哲学思想，又要维护基督教教义的地位，即寻找亚里士多德哲学为基督教神学服务的途径。

    托马斯？阿奎那的老师阿尔伯特首先进行了这方面的尝试，利用柏拉图主义的一些思想，对亚里士多德哲学进行改造，力图调和两者之间的矛盾，使之与基督教教义和谐一致，但未能成功。阿奎那终于完成了老师的未竟事业。他从亚里士多德哲学出发，借用亚里士多德哲学的一些范畴，讨论哲学最一般的问题，来论证上帝的存在。证明上帝的存在，历来是基督教哲学的主要论题之一。在阿奎那之前，奥古斯丁曾经借助人的内心思辨的途径证明上帝的存在。奥古斯丁之后，安瑟尔谟根据人们心中有上帝的概念，上帝由于其至高无上性必然既存在于人们的心中，又存在于现实中，从而推论出上帝的存在。两个人的论证都受到人们的反驳，特别是安瑟尔谟的论证不能自圆其说，因为从概念推出现实存在，在逻辑上说不通。托马斯？阿奎那用另外的方法来论证上帝的存在。他从神学立场出发，援引和改造了亚里士多德哲学中一些能够为基督教利用的内容，如关于运动与变化、原因与结果、存在与本质、实体与偶性、潜能与现实、可能与必然、形式与质料等范畴，首先确定一切事物都有自己的原因，然后根据“无限追溯不可能”的原则，得出一个最初的原因，最后断定这最初的原因就是基督教所说的上帝。或者在亚里士多德的“第一推动者”、“第一原因”等概念和基督教上帝之间直接划上等号，以此证明上帝的存在。

    托马斯？阿奎那对亚里士多德哲学的重新阐释，也就使教会发现了他的哲学的价值，完全可以成为教会的官方哲学。后来，教会又规定：从1366年起，包括罗马教皇的使节、红衣主教等僧侣，都必须精读并按宗教意图解释亚里士多德的《逻辑学》、《物理学》和《形而上学》，否则就不能得到优等学位。巴黎的文教法还规定：学校除《圣经》外，一切知识均以亚里士多德的书籍为准。他的著作成为仅次于《圣经》的绝对权威。巴黎的学校完全以亚里士多德的知识体系代替传统课程，阿拉伯哲学家将他的许多思想奉为神明，并在教堂中传道之。在整整四个世纪中，亚里士多德的哲学与科学学说称雄于西方。

    文艺复兴运动中，人们重新拿起怀疑和批判的武器，提倡解放思想，主要的一个方面就是要摆脱被经院哲学歪曲解释的亚里士多德的权威的束缚。当时，几乎每一种知识进步都是从攻击亚里士多德的学说开始的，亚里士多德的学说成了众矢之的。科学界新的代表人物培根、伽利略、波义耳等人都批判过亚里士多德的思想；在哲学上的命运也一样，17世纪英国大哲学家霍布斯在其重要著作《利维坦》中说：“我相信，没有任何一件事比将亚里士多德的形而上学放在自然哲学中更荒谬的了。没有比他在政治学中提到的政体更令人反对的，也没有比他的伦理学更无知的了。”